Main Article Content

Abstract

Trigonella foenum-graceum atau fenugreek digunakan secara luas  sebagai obat tradisional  untuk pengobatan diabetes tetapi mekanisme kerjanya masih belum jelas. Penelitian bertujuan memprediksi senyawa dalam fenugreek yang berkhasiat sebagai antidiabetes secara in-silico dengan menggunakan perangkat lunak Molegro Virtual Docking . Docking dilakukan 10 Senyawa uji dalam fenugreek yaitu 4-hidroxyisoleucine, coumarine, diosgenin, galactomannan, isovitexin, quarcetin, tigogenin, trigoneline, vitexin dan yamogenin dengan 3 reseptor yaitu sugar beet alpha-glucosidase- (PDB ID : 3W37), human dipeptidyl peptidase-4 (PDB ID : 1X70), human peroxisome proliferator activated gamma (PDB: 2PRG) serta senyawa pembanding acarbose, sitagliptin dan rosiglitazone. Dari 10 senyawa uji, galactomanann  memiliki nilai Rerank Score/RS paling rendah di dua reseptor yaitu alpha glucosidase dan peroxisome proliferator activated gamma dengan nilai berturut turut -116.56 kcal/mol dan -131.18 kcal/mol dan nilai RS acarbose -113.60 kcal/mol dan rosiglitazone -124.54 kcal/mol . Dari 10 senyawa uji, tigogenin memiliki nilai RS paling rendah direseptor dipeptidyl peptidase-4 dengan nilai RS -86.54 kcal/mol dan nilai RS sitagliptin -87.02 kcal/mol. Berdasarkan nilai RS, galactomannan diprediksi memiliki aktivitas antidiabetes yang bekerja pada reseptor alpha-glucosidase dan peroxisome proliferator activated gamma sedangkan tigogenin diprediksi memiliki aktivitas antidiabetes yang bekerja pada reseptor dipeptidyl peptidase-4.

Keywords

antidiabetes docking fenugreek in-silico molegro

Article Details

How to Cite
Prasetiyo, A., Mumpuni, E., & R. Tjandrawinata, R. (2019). Docking Molekular dari Trigonella foenum-graceum sebagai Antidiabetes menggunakan Molegro Virtual Docking. Jurnal Jamu Indonesia, 4(2), 74-80. https://doi.org/10.29244/jji.v4i2.132

References

  1. Bansode TS, Gupta A, Chaphalkar S, Salalkar BK. 2016. Integrating In-silico and In-vitro Approaches to Screen the Antidiabetic Drug from Trigonella foenum graecum. International Journal of Biochemistry Research & Review. 14(3):1-10.
  2. Das S, Dhananjaya BL, Desiraju S. 2018. Trigonella foenum-graceum (fenugreek) for Managemen of Diabetes. International Journal of Biochemistry Research & Review. 14(3)1-10.
  3. Funkhouser T. 2007. Lecture : Protein-Ligand Docking Methods. Princeton University.
  4. Huang SY, Zou X. 2010. Advances and Challenges in Protein-Ligand Docking. International Journal of Molecular Sciences. 11: 3016-3034.
  5. International Diabetes Federation. 2017. IDF Diabetes Atlas, 8th edition.
  6. Kapetanovic. 2008. Computer-Aided Drug Discovery and Development (CADDD) : in silico-chemico biological approach. Chemico-Biological Interactions. 171(2): 165-176
  7. Leach RA. 2001. Molecular Modelling Principle and Application. Ed ke-2. Chichester (UK): Pearson Education Limited.
  8. Lucientes, Gil MT. 2004. Protein Docking and Interactions Modeling.
  9. Molegro Virtual Docker. www.molegro.com,Accesed September 25th 2010.
  10. Neelakantan N, Narayanan M, J de Souza R, M van Dam R 2014. Effect of fenugreek (Trigonella foenum-graecum L.) intake on glycemia: a meta-analysis of clinical trials. Nutrition Journal. 13(7) :1-11.
  11. Perkeni 2015. Konsensus Pengelolaan dan Pencegahan Diabetes Melitus Tipe 2 di Indonesia. Jakarta (ID): Pengurus Besar Perkumpulan Besar Endrokinologi Indonesia.
  12. Trott O, Olson AJ. 2010. AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading. Journal of Computational Chemistry. 31(2): 455-461.